출산휴가 관련 문의드립니다

- 대학교에서 계약직으로 근무중이며 계약기간은 2016년 2월까지 입니다.

 정부기관 지원금으로 근무중이라 급여의 50%는 정부지원/ 50%는 학교 사업비 내에서만 진행됩니다.

  그런데, 현재 임신중이고 출산예정일이 올해 10월 중순이며 9월초에 출산휴가를 쓰고 그 후 퇴사(15.12월경) 할 계획을 갖고 있었습니다. 

 직무의 특성상  업무상 부재가 안되서 꼭 대체자가 있어야 합니다.

학교에 출산휴가 의사를 밝혔을때 출산휴가시 새로운 사람을 구하게 되면 정부지원 및 학교사업비에서 임금이 중복발생 ( 출산휴가중 제것과 대체자의 것) 이 될 것 같다고 하는데 임금이 사업비 예산내에서 집행되야 해서 거부될까 걱정이 됩니다.

1. 이 경우 출산휴가가 거부될 수 있나요?

2. 거부될 경우 최후의 방법인 고용노동부 신고 외에 제가 할 수있는 방법이 있을지 궁금합니다.