회사 사정에 의한 권고사직 시 문제점

안녕하십니까?
항상 많은 도움을 받고 있으나 비슷한 결과물을 찾기가 어려워 이렇게 문의드립니다.

저희 회사는 조그만 회사로 회사 사정이 매우 좋지 않은 상태입니다.
퇴직하는 사원들도 점점 늘어나는 추세입니다.
전에는 50여명이 근무 하였지만 지금은 30명에서 다음 달이면 20여명으로 또 줄게 됩니다.

이 같은 상황에 결혼한 여사원이 있는데 임신을 하게 되었습니다.
본인은 직장을 계속 다녀야 하기 때문에 출산 후에도 계속 회사에 다니겠다고 하나
산전후 휴가 기간 동안 그 자리를 비워 둘 수 없기에 다른 직원의 보직 변경을 내정하고 있습니다. 이런데 본인이 퇴사를 하지 않겠다고 끝까지 우기면 회사에서는 다른 방법은 없는지요

구조조정을 한다면 관리부서 또한 인원을 감축해야 하나 임신한 여사원과 담당자인 저 이렇게만 퇴사하고, 나머지 여사원들은 계속 일할 수 있도록 내정하고 있습니다.

단, 구조조정을 하더라도 시기가 맞지 않기 때문에 본인의 입장을 고려하여 최대한 회사에서 일을 할 수 있도록 배려하고 있으나 본인이 계속 자신의 입장만을 내세워 그 최대한의 배려 또한 사측에서는 고민하고 있습니다.
참고로 그 사원은 업무능력이 좀 부족하고 사내 대인관계가 너무 좋지 않아 마찰을 자주 일으키고 있지만 별 다른 제제를 하는 것은 없습니다.
자신을 권고사직 처리한다면 노동부에 가겠다고 합니다.

이러한 상황에서 권고사직처리를 하면 회사측에 어떠한 불이익이 있는지와 계속 근무를 고집하면 회사에서 어떠한 대책이 있는지도 알고 싶습니다.

회사가 잘 되서 이런 걱정 안하면 좋겠지만 일단 회사가 살아 남아야 하기에 이와 같은 문의를 하게 됐습니다.