연차수당 이렇게 대체해도 합법적인가요

저희회사는 2008년1월부터 주5일제가 시행되는회사로
상시근무인원이 60명정도 됩니다.
지금까지 연차수당은 지급한적이 없었고 올해 처음으로
직원들이 단합하여 회사에 연차수당을 요구했습니다.
이에 회사에서의 답변은 지금까지 유급으로 처리했던
설날,추석,하계휴가를 연차휴가로 대체했기 때문에
연차수당을 지급할수없다는 것입니다.
취업규칙에도 회사에서 인정하는 휴일은 노동절 하루이기
때문에 합법적이라고합니다.
직원들에게 한번이라도 연차휴가/수당에 대해서 협의나공지사항
없이 이렇게 처리해도 되는지 궁금합니다.
직원들은 회사에서 전년보다 1일이라도 유급휴가를 더 지급하면
기쁘다고 환호를하고 사장님께 고맙다고 인사를하고했는데
지금 생각하니 한심스럽기만합니다.
이것이 합법적인지 궁금합니다.