퇴직시 연차휴가 정산 문제

안녕하십니까?
유익하고 성의 있는 답변 글 해주시느라 고생이 많으십니다.

다름이아니오라 제가 근무하는 회사에서는 회계연도(1/1~12/31)를 기준하여
전사원에게 일괄적으로 연차휴가를 산정/부여하고,
지난 2005년 7월 1일부터 주5일제를 시행중에 있습니다.

회계연도에 의한 연차휴가산정이 근로기준법에 의해 산정해주는 것보다
불리하지 않다면 문제가 없다고 들었으며,
제가 찾아본 노동부행정해석에 따르면 재직기간동안 회계연도에 의해 연차를 산정/부여
했더라도 퇴직시에는 개인별 입사일자를 기준으로 총휴가일수를 산정하여
정산 후 회사에서 덜 준 부분은 수당으로 퇴직시 추가 지급해야 한다고 알고 있습니다.

그런데 궁금한 사항이 상기 내용에서 퇴직시 개인별 입사일자를 기준하여
총휴가일수를 산정한다는 것이
1. 재직기간 동안의 총휴가일수를 말하는건지, 퇴직시점 기준 1년치만 거슬러 올라가
  휴가를 산정하여 비교하면 된다는건지요?
2. 만약 재직기간 동안의 총휴가일수를 산정하여 서로 비교/정산한다면
2005년 7월 1일부터 주5일제를 시행하였고 현재 주5일제를 시행중인데
개정 전법(구법)과 개정 후법(신법)을 적용받는 구간을 서로 달리하여
휴가를 산정해야 하는건지요? 아니면 일괄적으로 주5일제 개정 연차휴가제대로
1년 8할이상 출근시 15일을 적용하면 되는지요?
3. 예를들어 2003년 2월 1일 입사하여 2006년 1월 15일에 퇴사를 한다면
  회사에서 회계연도에 의해 이미 지급한 휴가는 총33개인데
  개인 입사일자 기준하여 재직기간동안의 총휴가수를 구법과 신번 적용기간을
  구분하여 산정할 경우 총20개가 나오게 됩니다.
   그럼 회사에서 더준 13개 만큼은 퇴직시 반납해야 하는지요??

질문이 다소 복잡하였더라도.....이해해 주시고 꼭 명쾌한 답변을 부탁드립니다.
감사합니다.