최저임금 위반에 관한 문의드립니다.

안녕하세요. 저는 현재 개인병원에서 근무중이며 직원은 8명입니다. 물론 월급제로 일을 하고있는데 월급제또한 최저임금에 못미치면 임금체불 진정을 넣는게 가능한가요? 그리고 어느 직장이든 주휴수당이 포함되고 존재하는게 맞나요?제가 문의드릴 것은 아래 사항들입니다.

1. 근무시간 = 월화목금 9시출근 7시,8시 2회씩 교대퇴근 수요일 9시출근 7시 퇴근 토요일 9시출근 4시 30분퇴근으로 점심시간을 제외하여 주 6일근무에 54시간 근무 중입니다. 공휴일은 직원들이 돌아가며 출근하여 1시까지 근무하는데 이럴경우 토요일과 공휴일은 모두 1.5배로 수당계산을 해야하나요? 그리고 주 40시간 기준으로 초과하는 14시간 또한 1.5배로 계산하나요?

2 최저임금 =현재 1년차가 되어 연차수당으로 월급이 10만원 인상되어 실 수령액 119만원입니다. 그렇기 때문에 연차수당을 제외하여 제가 일한 댓가로 받는 순수익 월급은 109만원이 되는거 맞죠? 그렇다면 최저임금 위반에 해당되지 않나요? 그렇다면 제가 일한 만큼에 제대로 임금을 받는 다면 얼마가 되어야 정상인가요? 현재 4대보험은 병원측에서 모두 부담중이며 월 94000원쯤 나가는 것으로 알고있습니다.

3.근로계약서 = 작년 가을쯤 근로계약서를 노무사를 통하여 작성하게되었는데 설명이나 내용을 일체 읽지도 듣지도 못하고 월급란에 월급을 쓰고 싸인을 하는것으로 마쳤습니다. 며칠전 다른 한 직원이 계약서를 달라고 요구하자 원장님께서 보여주시기만 하시고 원장님께서 보관하셔야 하는게 맞다며 주시지를 않았습니다. 이 또한 위반이 아닌가요? 그리고 며칠전에 계약서 내용을 본 다른 직원께서 하시는 말씀이 근로계약서에 '연장수당을 요구하지 않는다'라는 내용또한 있었다고 합니다. 비록 계약서의 내용은모르지만 저히가 싸인을했기에 저 내용이 유효하게 되는것인지도 궁금합니다.

4 노동부신고= 노동부에 신고를 하게되면 여태 제대로 받지 못한 임금을 모두 받을 수 있는지 그 과정에서 병원측에서 주기를 거부하게되면 어떻게 되는지도 조금 더 상세하게 알고싶습니다. 그리고 신고를 하기위해서 어떤 증거의 자료들이 필요한지도 궁금합니다.