일방적인 학자금 상계로 인한 퇴직금 및 임금 미지급과 초과수당청구 가능여부

2012년 11월 경 입사를 하였습니다 당시 회사에서는 입사 후 회사 업무를 위해 전문대학을 토목과로 야간으로 다니기를 바랬습니다. 당초 학비는 회사에서 내줄것으로 이해를 하였으나 실제 등록 후 각서를 한장 작성해서 서명할것을 요청하였습니다. 첫 사회생활에 경황없는 신입시절이라 사실상 회사를 다니려면 해야만 하야할것 같아서 서명을 하였고 그 내용은 '2년간 회사에서 학비를 납부하고 2015년 3월부터 3년간 월급에서 공제한다 만약 중도 퇴사시 전액을 일시로 상환한다'였습니다
그렇게 2년간 1300만원정도의 학비를 회사에서 내주었습니다.
낮에는 일하고 매일 밤에는 30km정도 운전해서 학교를 가서 수업듣고 와서 자기를 반복 학비 외 일체 지원받은 금액은 없습니다.
올해가 되어 3월부터 실제 그 각서를 근거로 매달 월급에서 40만원 가까운 돈을 공제하고 월급을 받다 여러가지 이유로 금월 사직을 하였습니다. 회사에서는 바로 각서를 근거로 제 1달 반치 월급 및 퇴직급을 상계처리하겠다고 지급을 유보하였고 저는 그금액을 하나도 못받은것은 물론 추가로 몇백원을 매꾸어 주어야 하는 상황이 되었습니다. 장황하게 설명드렸는데 질문드리겠습니다.

1. 회사에서 필요로 인해 관련학과 졸업을 위해 지원한 학비는 위에 상황이라면 제가 100%책임을 져야 하는건가요?

2. 아무리 각서를 썻더라도 생계에 지대한 영향이 미칠만큼 1달반치 월급 +퇴직금 일체를 지급하여주지않고 되갚을 학비 명목으로 회사에서 임의로 상계처리해도 항의할수는 없는건가요?

3. 근로계약서는 연봉제라 하던데 수당은 따로 명기를 안하였고 평일 09시~18시로 작성하였으나 실제 회사 방침이라는 이유로 08시 까지 출근하였습니다. 실근무는 전사무직직원이 주 45시간을 근무한 개념이 되는데 이는 야근같은것은 제외한 전원에게 해당되는 공통의 시간이라 타당성이 있는 근무시간입니다. 회사의 방침이라는 이유로 매주 추가된 5시간에 대해서는 추가 임금을 주장할수 없는지요?

마지막으로 자문받을 기관과 향후 대처해야할 방법도 알려주시면 정말 감사드리겠습니다. 너무 속상합니다 3년 가까이 일하고 사고친것도 아닌데 나가면서 빚만 지고 가네요...