중도퇴사자 급여 일할계산시 공휴일은 어떻게 처리하나요?

사업장 급여 담당자입니다.

물류 사업장이라 이직이 잦은 편인데요, 

근로기준법에 일할계산에 대한 기준은 없는걸로 아는데요,

예를 들어 2월 3일 입사해서 2월 26일까지 근무를 한경우 일할계산을 하게 되는데요

설날연휴기간(2/8,2/9 2일치)을 급여에서 공제하는 것이 근로기준법에 위배될까요?

취업규칙에는 공휴일을 유급으로 정해놓았고, 계속근무자이거나 한달을 채운경우에는 월급여를 전액 지급합니다만,

중도입사해서 1개월 미만 근로하고 퇴사한 경우에만 공휴일을 무급으로 처리한다면 문제가 있을까요?

(물론 주만근시 주휴수당은 지급하고, 설날,추석 같은 공휴일의 경우 공제)

만일 문제가 없다면, 취업규칙이나 근로계약서에 위 내용을 명시하면 되는건가요?

 실제로 연휴전에 입사해서 연휴직후 퇴사(한달 겨우 채우고)한 경우가 있었는데

월급 전액을 지급했습니다만, 너무 얌체같은 근로자라 생각되더군요.

답변 부탁드립니다.

감사합니다.