내년 연차를 당겨쓴 경우

안녕하세요 사업주 입장에서 궁금한 점이 있어 문의 드립니다 

저희 직원 한분이(입사 7년 이상) 작년에 본인의 보유 연차 보다 12일 더 사용을 했습니다 (대표인 제가 모르던 상황. 2017년 연차를 씀)

확인해보니 1년 미만 입사자에게는 가능하지만 1년 이상 근무자에게는 내년 연차를 당겨 쓰는건 불가능하다고 고용노동부에서 답변들었습니다.

그래서 원칙대로 12일치 당겨쓴 연차는 급여에서 차감하는 것이 마땅하나 조용히 눈감아 줬습니다 

그런데 이번에 이 직원이 3월 말일자로 퇴사를 합니다. 

만약 이직원이 계속 근무를 했다면 모르지만 갑자기 중도 퇴사를 하는 관계로 12일치에 대한 금전적 청구를 해야하는 것이 아닌지 궁금합니다.

저희는 1월1일에 연차 발생 기준입니다.

저희 인사쪽 직원 말로는 12일 당겨 쓴것이 2016년 만근을 했기 때문에 그로 인해 새로 발생된 연차(18일)로 상쇄가 되니 문제없다는

저는 상식적으로 중도퇴사를 하는데 이부분이 문제가 없는지 이해가 안되네요