연차초과시 퇴직금정산

근무기간 : 14년 12월 00일 입사  / 17년 06월 00일 퇴사(7/1)

초과연수 : 총 16 개중  16개 모두 사용 / 차감 연차수당 일 : 11개

배경 :

위와 같이 2년이 지나 1개의 연차가 더 부여되어 총 16개의 연차를 사용할 수 있었습니다.

다만 저희는 미리 사용하는 연차이긴 하나, 1개의 초과된 연차는 16년 11월 17일까지를 인정한

초과 1개가 아닌 것인지, 그렇다면 초과된 연차를 11개 모두로 봐야 하는 것인지.. 궁금합니다.

배경 2 : 위와같은 연차사용으로 인해 퇴사시 마지막 급여에서 11일 연차초과분 만큼 금액을 차감하여 지급하는 것이 

회사 규정인데, 회사의 임금계산 방식에 의문이 있습니다.

(기본급 + 직급성과수당 + 연장근무 = 월 급여) 11일을 초과한 경우 연장근무(1.5배)에서  11일만큼 마이너스 금액을

차감합니다. 1.5 배이다 보니 연차수당 초과 시 금액이 상당합니다...

더욱이 퇴직금 계산 방법이 마지막 3개월을 가지고 평균임금을 계산하는데, 

위와 같이 1.5 배가 적용된 연차초과분은 차감하면 퇴직금도 큰 영향을 받을 것 같습니다.(마지막 급여가 매우 줄어듬)

원래대로 한다면(개인생각) 마지막 급여는 31일 근무 모두 했을 경우 우선 지급하고

퇴직금에서 초과된 연차수당을 차감해야 하는 것이 맞는게 아닌가요?  아니면 마지막 급여에서 차감하고

퇴직금에 마지막 급여가 적게 책정되어 퇴지금에 영향이 받는 것이 당연한 것인지...혹은 별차이가 없는것인지...

궁금합니다. 회사와 어느정도 좋은 관계를 유지하고 있는데 혹시나 이런 부분이 회사 중역분들에겐 

예민한 문제일지.. 고민스럽습니다.