퇴직금 정산 및 연차수당 관련 문의

안녕하세요. 얼마전에 퇴직을 하고 퇴직금 정산을 받았습니다. 그런데 일할 임금하고 퇴직금이 조금 이상해서 여기에 문의해봅니다.

회사에 입사는 2015/02/02에 하고 퇴사는 2017/06/09에 했습니다.

포괄적임금제로 연봉은 2,700,00이고 월별로 분할해서 받았습니다.

먼저 6월 근무수당에 대한 의문입니다.

일수에 상관없이 기본급은 1,643,040 식대 100,000 연장근무수당 261,875 휴일근무수당 108,940 야근근무수당 136,145 로 합쳐서 2,250,000을 받았습니다.

그 중에 공제내역은 국민연금 82,840 건강보험 62,620 장기요양보험료 4,100 고용보험 13,970 소득세 24,340 지방소득세 2,430을 내서 합이 190,300입니다.

그래서 실질적으로  2,059,700을 받았습니다.

그런데 6월에 일을 한 것을 정산받았는데 기본급 492,912 식대 30,000 연장근무수당 78,562 휴일근무수당 32,682 야간근무수당 40,844를 받아서 675,000을 받았습니다

공제내역은 국민연금 82,840 건강보험 62,620 장기요양보험료 4,100 고용보험 13,970 소득세 24,340 지방소득세 2,430을 내서 합이 190,300입니다.

그래서 차액으로 494,480을 받았는데 이게 맞는 것인지요? 혹시 원천징수금액이라고 따로 받았는데 이 금액이 177,600을 받았는데 이렇게 계산하면 맞는건가요?

두번째는 퇴직금 정산을 받았는데 상세한 내역은 없고 5,084,715를 받았습니다. 

퇴직금 자동계산으로 계산해봤을때는 5,691,431.34원이 나왔습니다. 그 차액이 606,716원으로 더 적게 받은걸로 나오는게 이게 맞는건지 궁금합니다.

그리고 마지막으로 제가 퇴사할때 연차를 다 못쓰고 나왔는데 

2015 ~ 2016년 사이에 휴가를 쓴게

2015년에 연차 4일, 예비군훈련 6일, 대체휴가 2일(저희 회사는 주말출근을 하면 대체휴가를 쓸 수 있었습니다. 그래서 근태사유에 주말출근으로 인한 대체휴가라 명시했습니다.)

2016년에 연차 2일, 예비군훈련 3일, 대체휴가 3일을 써서

총 연차 6일, 예비군훈련 9일, 대체휴가 5일을 보냈습니다.

2017년에는 연차 5일, 대체휴가 1일을 썼습니다.

그런데 회사취업규칙상에는 사원의 연차유급휴가 청구권은 회사의 귀책사유로 휴가를 사용하지 못한 경우를 제외하고는 발생한 날로부터 1년간 행사하지 아니할 경우에는 소멸한다.라고 명시되어있습니다.

또한, 연봉계약서 상에는 근로기준법 제62조 (유급휴가의 대체) 규정에 근거하여 근로자대표와의 서면합의에 따라 연차유급휴가일을 갈음하여 특정한 근로일에 근로자를 휴무시킬 수 있다. 라고 써있습니다.

하지만, 저는 연차휴가를 쓰라고 촉진받은적도 없고, 관련된 합의에 대해서 받은 적도 없습니다. 그리고 연봉계약서상에 연차수당이 포함되어있지도 않습니다.

그래서 제가 쓰지 못한 연차에 대해서 수당으로 반환받을 수 있는지 궁금합니다.