회사에서 4대보험 납부금액을 모두 지급해주고 대신 연말정산 금액을 수령한다고 하는데 적법한 것인가요?

약 15인정도 근무하는 건축 컨설팅 회사에 설계사무직으로 근무하고 있습니다.

근로계약서는 작성하고 있지 않으며 , 지속적인 요구에도 업계의 특성상이라며 거부하는 중입니다.

포괄임금으로 임금이 지급되며 월급통장에는 세금은 제하지 않은 , 몇시에 퇴근을 하든 , 주말에 일을 하던...

예를 들면 월급이 200만원이라면  통장에 200만원만 찍히는 , 그분들이 말하는 이른바  ' 포괄임금제'를 시행하고 있습니다.

** 포괄임금제 시행에 대한 규범이나 , 업종이 따로 구분이 되는 것인지도 궁금합니다. **

* 연차 , 월차는 시행하고 있지 않으며 지속적 요구에도 '''업계특성''이라며 거부하는 중입니다.

또 다른 한가지는 4대보험에 전 직원이 가입이 되어 있는데 이에 발생하는 근로자분의 납부금액까지 회사에서 모두 부담을 하고 있습니다.

대신에 근로자의 연말정산을 진행한 후에 나오는 환급금을 회사에서 가져간다고 합니다.

근로자가 연말정산을 하는 것은 개인의 근로 소득에 따르는 것이고 개인적인 것인데 . 이걸 회사에서 건드리는 것이 적법한 것인가요? 

좀 이상한 것 같습니다.

만약 이것이 이른바 회사에서 정한 규칙이라면 , 근로자에게 배부하고 알리고 동의를 받아야 하는 거 아닌가요?

그리고 마지막으로 퇴직금에 관련된 것인데.  제가 이 회사에 근무한지 1년 하고 한달이 되었습니다.

퇴직연금에 가입이 진행되었는데 제가 알아본바에 의하면  ' 지급되는 급여에 1/12를 하여 퇴직 연금에 가입중이라고 합니다.

그렇다면 저는 2016년 09월에 입사하여 2017년 10월에 퇴직연금에 가입된 것이죠.

이러한 방법으로 계산하면 퇴직연금가입 전에 근무했던 기간은 퇴직금 정산에 제외되는 방식이 되는 거 아닌가요?

정말 답답하며 회사 임원진과 면담을 진행하려 하는데 

알고 가야 당당하게 따져서  답답함을 풀고 싶습니다.