퇴직금이 연봉에 포함되어 있던 경우, 퇴직금 정산 관련 문의드립니다

저는 현재 근무 중인 출판사에 1999년 6월 입사하여 지금까지 근무해 오다가, 최근 퇴사를 결정하고 그 절차를 밟고 있습니다. 2000년 상반기에 회사에서 그동안 시행해 오던 급여제도를 바꾸어 지금까지의 퇴직금을 정산해 주고, 연봉제로 바꾸었습니다. 물론 저는 1년이 채 안 된 시점이라 그 당시에 퇴직금 정산받지는 못했습니다. 그런데 그때부터 연봉에 퇴직금이 포함된 상태로 급여를 주기 시작했습니다. 매달, 그해 퇴직금의 12분의 1에 해당하는 금액을 월급에 포함하여 받게 된 것입니다. 물론 이에 대한 근로계약서를 체결하지 않았고, 단지 통보를 받았을 뿐입니다. 말단직원이었던 저는 그대로 따를 수밖에 없었습니다. 이후 2007년 4월 회사 방침이 다시 바뀌어서, 그때부터는 퇴직금을 퇴사시 정산하여 주는 방식으로 바뀌었고, 이후 저는 저의 필요에 따라 두차례 퇴직금 중간정산(2007. 4-2008. 3 / 2008. 4-2010. 3)을 하여 받은 적이 있습니다. 퇴사를 앞둔 현 시점에서 회사에서는 저의 퇴직금으로 2010년 4월부터 현재까지를 상정하여 줄 예정이라는 말을 들었고, 제가 알아본 바로는 입사 때부터 몇 년간 연봉에 포함되어 있던 퇴직금이 불법이었기에 이에 해당하는 기간(1999. 6-2007. 3)의 퇴직금도 요청한 상태입니다. 저는 회사로부터 가급적 원칙적으로 해결하겠다는 의견을 받았습니다. 그런데 회사에서 세무사를 통해 알아보았으나, 1999년부터 2007년까지 7년 9개월치의 퇴직금을, 2008년 3월 첫번째 중간정산할 때를 기준으로 하여 그때 주었어야 했는데 안 준 것으로 계산해야 하는지, 아니면 현 시점을 기준으로 계산하여 주어야 하는지 판단이 안 된다고 하면서, 좀더 알아보겠다고 합니다. 2008년 3월과 현 시점과는 제 급여가 차이가 많이 나므로, 결과적으로 퇴직금 총액이 많이 차이나게 됩니다. 이런 경우 과거의 퇴직금을 어떤 방식으로 정산하는 것이 정당한 것인지 문의드립니다.