사직서 제출 후 연차 사용과 출퇴근 시간

안녕하세요 퇴사전에 남은 연차 사용과 출퇴근 시간에 대한 궁금한 사항이 있어 글을 올리게 되었습니다. 

*기본사항*

디자인 회사에 재직중이며 공모전에 참가해 당선을 이끌어 회사에 이윤을 주는 형태의 부서에서 일을 하고 있습니다.

근로계약서는  '포괄임금산정제도'로 돼있으며, 매월 연장근로수당은 32.6시간을 기준으로 나와있습니다.

질문사항 

1. 

다음주 월요일에 사직서를 제출할 계획입니다. 제가 맡은 프로젝트 중에 끝나지 않은 프로젝트가 6월5일까지 있어 그 후에 퇴사 전까지 연차를 전부 소진할 생각을 하고 있습니다(남은 연차 10일 이상), 그리고 혼자 맡아서 하는 프로젝트는 아니지만 진행할 새로운 프로젝트가 있다고 어제 들었습니다.(보통 제출 마감 한달 전에 프로젝트를 진행합니다. 그래서 야근은 당연히 했었고요)

일의 특성상 프로젝트가 본격적으로 시작되면 근로시간(09:00~16:30 / 점심시간 1시간 30분)을 넘어서 9시 이후에 퇴근하는 일이 많았습니다. 주말출근은 점심시간 때부터 나와 9시 이후에 퇴근하기도 했고요(이 부분에 대한 증거를 따로 문서로 남긴 것은 없습니다...) 물론 계약과 같이 포괄임금제로 추가적인 야근이나 주말출근에 대한 수당을 지금 받은 적이 없습니다.

제가 알기로는 법적으로 회사에 막대한 피해를 주지 않는 이상 연차사용은 회사에 통보를 하는 것이지 상부에서 결재가 나지 않더라고 사용할 수 있다고 알고 있습니다.

이 상황에 제가 프로젝트를 진행하는데 연차사용으로 빠진다면 회사에 막대한 피해를 주는 사례에 포함될까요?

(물론 제가 빠진다면 다른 사람들이 평소보다 더 야근을 합니다. 하디만 회사입장에서 제가 아니면 불가능한 일을 맞고 있지는 않고 저와 비슷한 디자이너 3명과 다른 여러 사람과 같이 프로젝트를 진행하고 있습니다.)

2. 계약서에 명시된 '포괄임금산정제도'가 마음에 걸립니다.

야근을 하지 않는다고 회사에 막대한 피해를 준다고 생각하지 않지만 위의 저의 상황이 문제가 안된다면 퇴사 전까지 근로시간만 끝내고 바로 퇴근하고 저의 원래 계획대로 6월5일에 프로젝트를 마치고 10일이상 연차를 사용해도 문제가 안될까요?

긴 글 읽어주셔서 감사합니다.