파견법 제6조의2 제3항을 위반한 근로계약은 유효한가?

저는 노동청으로부터 불법파견 판정을 받아 직접고용된 cctv 감시업무 노동자입니다.(용역회사=>원청)
회사에 노조는 있으나 고용형태 미확정이란 사유로 미가입상태입니다.

용역회사에서는 계약서에 단서로 감단직에 대한예외사항만 기재되고, 감단직 제외 승인을 받지않아 저희는 감단직이 아닌 일반직이었습니다. 다만 2004년에 불파에 해당되지 않는 다른 용역직원들의 업무에 대한 감단직 승인은 있었지만, 불파 판정된 저희 업무와는, 현장도 다르고 업무내용도 다른 별개의 감단직 승인이었습니다.

그런데 직접고용시, 원청회사에서는 기존의 고용계약서가 감단직을 포함하고, 2004년 용역회사에서 감단직 승인을 받은 바 있다면서 감단직 적용을 주장하다가, 감단직 승인 신청만 한다는 합의서를 작성토록 했습니다.

한편, 근로감독관이 지정한 직접고용 시한의 다음날 위 용역회사와 원청회사간 합병이 예정되어있었는바, 합병 이후에는 법률상 혼동(이미 소속된 회사에 또 고용을 요구하는 모순)으로 직접고용을 요구할 수 없기에 시간을 소급하여 회사의 뜻대로 합의서 작성에 동의할 수 밖에 없었습니다(합의서 문구만 조정).
우리에게는 직접고용을 선택한 의미가 있었기에.

그리고 합의서에서 정한 3개월이 다 될 즈음 회사는 감단직 제외 승인신청을 하고 담당 감독관이 실사를 나왔기로 위 내용을 진정하며,

동 신청이 승인되면 우리 지위가 직접고용전의 일반직에서 직접고용 후 감단직으로 악화되어 파견법 제6조의2 제3항 제2호 를 위반하게 된다고 주장하였으나,

근로감독관은 "근로조건은 근로계약서의 내용만을 가지고 판단한다"고 하고 "이제와서 직접고용시의 근로계약을 무효로 할 수 없다"는 등 우리의 주장을 배척하는 말만 하다가,

그 판단은 본인이 할 업무는 아니니 본 건 판정이 나오면 노동위원회 등에 다시 판정을 구하라더군요.

감독관의 언행을 보건데 감단직 제외 승인이 날 가능성이 높아보입니다. 업무 파악을 위한 실사과정에서도 노골적으로 회사의 편을 든다는 느낌이 ... 너무 티가 나더군요.

질의내용 : 1. 근로조건 저하 여부는 계약서만 따지는지요. 신분이 일반근로자에서 감단직 근로자로 하락하는데도 말입니다?
2. 근로계약서 상 무효인 일부가 있고 그 상태가 지속된 경우, 추후 판정시에는 "전체 무효"가 아니라 해당 부분만 무효로 한다는 판례를 본 적이 있는데 잘못 알고 있는 것인지요? 위 감독관에게 그리 얘기해도 어물쩍 말을 돌리더군요.

3. 결과적으로 감단직 승인시 저희들은 파견법 제6조의2 제3항 제2호 의 위반이 되어 해당 부분이 무효가 되어야 하는 것은 아닌지요.

4. 만약 저의 주장이 옳다면 구제절차는 이떻게 되는지 궁금합니다.