의료보험 및 국민연금 산정 관련

일전에 질의에 대한 상세한 답변, 감사합니다.

저희 회사에서는 작년에 3년치 초과근로수당과 연월차 수당중 미지급분을 한꺼번에 지급한 사례가 있었습니다. 그 금액이 연말정산 때 당해년도 소득으로 책정돼 올 의료보험과 국민연금이 엄청나게 올랐습니다. 5등급이나 뛰었더군요.
첫째로, 3년동안 지급해야했지만 지급하지 않았던 수당을 한꺼번에 지급한 것은 회사의 책임이라고 생각되구요,
둘째로, 회사에서 3년치를 나눠 결산했다면 이같은 일이 없었을텐데 지난해 소득으로 책정한 만큼 이같은 일이 발생한것이구요,
따라서 이를 회사에서 책임지고 처리하도록 요구할 생각인데요, 회사에서 처리할 수 있는 방법에 어떤 것이 있을지 좀 알려주시기 바랍니다.