연봉제하에서의 해고수당

안녕하세요? 저희 (주)00회사는 일본회사로 부터 업무위탁을 받아 사업을 하고 있는 회사입니다. 작년에는 저희회사의 전 주식을 일본본사가 저희 사장님으로부터 사서 지금은 저희회사의 대주주입니다. 그래도 저희회사와 본사의 관계는 업무위탁관계인것 같습니다.
여쭤보고자하는 내용은 퇴직금에 관련된 내용입니다. 만일 본사와의 업무위탁관계가 깨질 경우 그리고 저희 회사의 재정상태가 직원들의 퇴직금을 전액 충당하지 못하는 상황이 된다면 그 책임은 현재의 저희 사장님이 전적으로 지는 것인지 아니면 법적으로 대주주도 책임을 질 의무가 있는지 궁금합니다.
지금 저희는 퇴직금 부족문제로 현재 중간정산을 하고 연봉제를 도입하려는 사측의 입장과 이를 거부하려는 사원의 입장으로 나뉘어 있습니다.
또 한가지, 연봉제하에서 경영상의 이유로 구조조정을 해야하는 경우 월급제하에서는 보장이 되는 3개월의 해고수당이 당연히 인정이 되는지 아니면 줄 의무가 발생하지 않는지에 대해서도 답변해 주십시요.