이럴 땐 어떻게 해야하나요??

안녕하세요.
저는 얼마전 7월에 ㅋ회사를 그만두었습니다.
8월에 퇴직금이 늦어져서 전화를 해보았습니다.
여직원이 재고로스문제와 돈에 대한 문제가 없으면 입금이 될거라 하였습니다.
그래서 8월 중순에 퇴직금을 받았습니다.
그런데 갑자기 미입금이 있다는 등 담배 매입금액에서 차이가 난다는 등
회사로 2,900,000원 입금시키라는 것이었습니다.
처음에는 진짜가 싶어서 언제까지 갚겠다고 하고 확인서를 썼습니다.
하지만 여직원하고 통화할 당시 여직원이 내가 잘못해서 돈 부분에서 차이가 나면
그 돈을 제외하고 입금이 될거라 했습니다.
제가 갚아야 하나여???
답변을 기다리겠습니다.
퇴직금을 받고 2~3주에 회사에서 입금하라고 했습니다.