노동부시정조치의 적용대상

휴일근로수당 미지급분 3년간에 대해
최근 노동부로부터(검찰을 거쳐)시정조치를 사용자가 받았답니다.

그런데 진정 요구한 사람은 3명이었습니다.
전체는 사업장에는 조합원 50명,
전국적으로는 3,000명입니다.

이 경우
3명에 대해서만 지급을 하고
나머지 예초에 진정하지 않은 사람에게는 3년치 미지급분이 지급될 수 없습니까.
회사가 계속 거부할 수 있을까요.

물론 민법으로는 권리위에 잠자는 사람에게 보호가 될 수 없다지만
노동법적으로는 평등대우 원리가 적용 안되는가요.

또한
시정조치 명령을 받은 후부터는 일괄 시정해야하는 것은 당연한 논리이겠지요????