잔여연차휴가가 없는데 휴가를 사용하는 경우의 처리방법

안녕하십니까.

저희 회사에서는 매년 연차대체휴무일을 사전에 정해서 직원에게 통보해주고 있으며 직원역시 그 내용을 모두 이해하고 있습니다.

그런데,

직원1명이 개인상병 휴직으로 기 남은 휴가를 모두 사용 후 휴직을 하였습니다. 이후 복직하였는데,

연차대체휴무일이 도래되었는데 이때는 어떻게 처리를 해야 합니까?

일단, 연차대체휴무일인데 대체할 연차가 없으니 휴가사용을 익년으로 처리 또는 해당일 무급처리하는 것이 어떤가싶습니다만,

직원은 회사에서 정한 휴무일이고 본인이 쉬고자하는 날이 아니다. 그렇다고 모두 쉬는데 본인만 출근할 수도 없지않냐며

연차휴가 사용으로 처리하는 것 or 무급처리하는 것은 부당하라고 합니다.

이런 경우에는 어떻게 처리해야함이 맞는 것인가요??