연차대체휴무

30인병원16년째근무중입니다..
포괄임금제,주40시간근무로 일요일 유급휴무,주1회무급휴무하며 법정공휴일은 주1회무급휴무로대체합니다.
...그런데 연차휴무에서 법정공휴일을 뺀 일수만큼만 연차로 보장받습니다.
이미 주1회무급휴무를 법정공휴일 휴무로 대체했는데 또 이중으로 연차에서 대체한다는게 말이안되요.
몇년전부터 사무장 직원에게 물어보면..10녀전 대표자와 합의된거로 합법적이라고합니다.
...문제가 된다고하더라도 포괄임금에 연차미사용수당이 포함되어 지급되고있기때문에 괜찮다고합니다..
근로계약서에는 기타등 포함이라고만 되어있지 연차미사용수당포함이라는 내용은 없으며..월급명세서에서도 연차수당 항목없고.... 몰랐던 내용 이었습니다...

질문1. 대표자서면합의는 폐업할때까지 효력있나요???

2. 이미 연차를 국공일날 휴무 대체한다고 하면 주1일 무급휴무는
보장되어야하는거 아닌가요??

3. 기타수당이나 다른 단어로 표현된수당을 연차미지급수당이라고
해석할수있나요???

답변부탁드립니다~~~