결근공제방법

결근공제의 합리적인 방법을 모색중입니다. 여기저기 찾아봐도 법에 정한게 없으니 대략 '월급여/월력일수*근무일수' 또는 '통상시급을 계산해서 시급공제'하라고 나와있기는 합니다.
하지만 실상 실무에서 적용하려면 잘 맞지 않는 부분이 있어 질의합니다.
회사 내규등에 정해진바는 현재 없습니다.
그동안 월중 입퇴사자는 일할계산으로 '월급여/월력일수*근무일수' 방법으로 계산하였으며 재직자의 하루이틀 결근의 경우에는 시급을 계산해서 공제를 해왔습니다. 결근일수가 많아지면일할계산을 하기도했구요.(결근일수가 많아지면에서 많다는 기준을 정하는것도 쉽지 않습니다. 14일결근은 시급공제하고 15일이상결근이면 일할을 한다든지.... 사실 이방법도 애매합니다.)
실상 실무에서 적용하려면 잘 맞지 않는 부분이 생기는 이유는 209라는 소정근로시간이란게 1개월을 평균한 시간이니, 사실 209가 넘는달도 있고 209가 안되는 달도 있기때문에 발생하게 되는 것 같습니다.
결근이란게 1일결근일경우 10일결근일경우 15일결근 또는 25일결근, 31일중 30일결근인 경우도 있을 수 있습니다.
보통 1일결근하게되면 시간급으로 공제를 하면됩니다. 그런데 30일결근시는 1일근로분을 시급계산해서 주겠죠? 그러면 15일결근 또는 25일 결근하면 일할계산을 할까요? 아님 결근시간만큼 공제를 할까요? 아님 근로일만큼 시간급으로 계산을 할까요? 이렇듯 기준이 모호해집니다.
한가지방법으로 통일한다고 해서 1. 시급으로 결근일수만큼 공제하는 걸로 정했다면 2월달 같은 경우는 28일중 27일을 결근하고 1일을 근로했다고 가정하면 하루분치고는 좀 많은 임금이 지급되게 됩니다. 2월은 소정근로가 사실 209시간보다 적기 때문이겠죠. 또 31일이 있는 달은 30일결근시 이를 시급으로 공제하다보면 하루를 근로했지만 마이너스가 나오기도 합니다. 2. 시급으로 근로일수만큼 지급하는 방법으로 통일한다면 2월달은 소정근로 209시간보다 적으니 28일중 1일결근하고 27일을 출근했다고 해도 월급여액보다 많은 금액이 덜 지급되게 됩니다. 같은 의미로 31일인달은 하루결근해서 30일을 출근해도 월임금보다 오히려 많은 금액이 나오기도 하구요. 3. 일할계산방법으로 통일한다면 하루결근시에도 일할계산하는건 또 안맞구요.
그렇다고 위와같이 애매하게 1일결근시 시급으로 결근공제, 31일중 30일결근시는 1일근로분 시급계산, 15일결근 또는 25일 결근하면 일할계산? 결근시간만큼 공제? 근로시간만큼 시급 지급? 이렇듯 기준도 없이 지급할수는 없습니다. 설사 14일결근까지는 시급으로 공제하고 15일이상결근시부터 일할계산으로 하기로 정했다고하면 아무래도 일할계산하는게 공제가 적기때문에 14일결근시보다 15일결근시가 지급금액이 더 많아지는 문제가 발생할수도 있습니다. 
좋은 해결방법을 부탁드립니다.