회사가 노무사를 앞세워 시간외근무수당에 대한 무효를 주장하려 합니다

지난 10월 25일에 노동부에 진정서를 냈습니다.
시간외근무수당(야근, 휴일근무)을 못 받아서요.
그래서 지난 11월 5일에 삼자대면을 했습니다.
당시 감독관이 시간외근무수당을 정리해서 11월 9일까지 제출해줄 것을
회사측에 요청했고 회사도 그렇게 하겠다고 했습니다.
진정서 처리 기간이 11월 20일까지니까 그때까지 모두 해결해야 한다고 하면서요.

그런데 오늘 회사에서 제게 전화를 해왔습니다.
내용인즉슨

노무사와 상의해본 결과

1. 직책이 있는 사람에게는(퇴사 당시 차장이었습니다)
따로 야근 등 시간외근무수당을 줄 필요가 없다.
급여명세표에 직책수당이 있기 때문이다.

2. 포괄연봉계약을 했기 때문에
연봉에 야근수당(급여명세표에도 세목이 있습니다)이 이미 책정되어 있다.

3. 계약서 작성 등 업무의 특수한 성격상(차장이라는 직책) 야근이 불가피하고,
따라서 시간외근무수당을 청구할 수 없다는 겁니다.

그러면서 회사측에서는 괜히 노무사에게 진행비(200만원)만 날리게 되니
노동부를 통하지 말고 따로 만나서 합의를 하자는 겁니다.


저는 올 9월 21일에 퇴사를 했습니다.(총 근무연수 7년 3개월)
제가 알고 있기로 진정서 제출일로부터 3년간(즉 2004년부터 2007년)의
시간외근무수당을 청구할 수 있는 것으로 알고 있습니다.

근무하면서 연봉계약서를 체결한 것은 2006년 5월(1년간 계약)이 처음이고
이후로는 재계약하지 않고 근무했습니다.
그리고 이전에는 근로계약서 등을 작성하지 않았습니다.

체결한 계약서를 보니

1. 을의 근무시간은 오전 9시부터 오후 6시까지로 하며 직무의 내용 또는 특수한 사정으로 필요한 경우에는 교대근무 또는 시차근무 등으로 이를 조정할 수 있다.
2. 1일 휴게시간은 1시간을 워닟ㄱ으로 하고 업무형편에 따라 일괄 또는 분할하여 부여한다.
3. 갑의 업무 형평상 필요한 때에는 을은 시간외근무 또는 휴일근무를 하기로 한다.
로 되어 있습니다.

현재 제가 가지고 있는 야근표는 2006년 1월부터 2007년 2월까지로 총 야근시간이 321시간입니다. 그리고 회사에서의 출퇴근 시간은 매일 적는 일지에 적혀 있구요.

시간외근무수당에 대해서 내역이 나오면 그걸 가지고 조정해보려했는데
사측에서는 저를 무슨 돈이나 뜯어내려는 사람으로 몰아가고 있어서
마음이 무척이나 무겁습니다.
어떻게 하면 될지요?