업무로 인한 질병으로 휴직을 한 후 퇴직한 사람의 퇴직기간과 평균임금 산정방법

내용:
1. 2005년 6월 1일 입사한 사원입니다.
2. 2006년 6월 1일 퇴직금 중간정산을 했습니다.
3. 2007년 4월 5일 목에 이상이 있어 병원에서 진단한 결과
   디스크란 판별을 받았습니다.
4. 근로복지공단에서 직업에서 발생할 수 있는 병으로 판단하여 근로복지공단에서
   산재보험을 통해 해당 사원에게 수술비와 급여의 일부를 지급했습니다.
   (산재기간 2007년 4월 5일부터 2007년 10월 31일)
5. 위의 4항의 산재기간은 당사의 휴직기간으로 되어 급여지급이 이루어지지 않았습니다.
6. 해당사원이 11월1일 당사를 방문하여 더이상의 근무가 어렵다고(다른부분도 이상이 있어)
   사직서를 제출하였습니다.
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위의 경우 본 상담실의 상담내용을 살펴보니 근로기준법에 의해 퇴직전 3개월의 임금이
0인점으로 평균임금이 통상임금보다 적으면 통상임금을 평균임금으로 한다고 설영을 하셨는데
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질문 1: 휴직기간중에 근로복지공단에서 지급한 금액을 당사의 퇴직금산정기준의 평균임금
        으로 해야 하는지? 아니면 당사에서 지급하지 않았기에 통상임금으로 평균임금을
        정해야 하는지?
질문 2: 통상임금을 평균임금으로 정했을 경우 기본급으로만 평균임금이 되어 휴직기간이
        퇴직급여지급기간으로 포함이 된다고 하더래도 급여액이 상당히 적게 되는데
        대법원판례에 따라 현저히 적을 경우에는 휴직발생일 전 3개월을 평균임금 산정기간
        으로 하라는 것에 대해 위반되는 것은 아닌지?
     또는 : 업무상 질병으로 인한 휴직기간은 출근으로 본다고 한 근로기준법에 의하면
        해당사원의 퇴직급여지급기간이 2006년 6월1일부터 2007년 10월31일까지가 되는데
        만약 휴직전 3개월을 평균임금으로 산정하여 지급하게 될 경우 통상임금으로
        지급되는 금액과 현저히 차이가 많이 나게 되는데 과연 어떤 방식이 법에 위반되지
        않는지 알고싶습니다.