퇴직금지급여부에 대해서

여기는 사업장입니다.꼭 좀 답변부탁드립니다. 한 직원이 2006년 5월 1일에 입사하여 2006년 11월11부터 연장포함하여 2007년2월12일까지 산재보험기간이었습니다. 근로계약은 2006년12월31일로 종료가 되었고 산재기간까지 재연장이 되었습니다. 연락이 없어 여기서 연락을 하였더니 병원에서는 수술이 잘 되었고 아무이상이 없다고 하였는데 본인은 몸이 불편하여 출근을 하지 않고 있었습니다. 일을 할 수 있느냐고 물었는데 서울에 있는 병원에 갔다온 후 답변을 하겠다고 하여 답변을 줄때까지 기다렸습니다. 기다려도 연락이 없자 연락을 하였더니 일을 하고 싶으니 말미를 주라고 하였고 그렇게 하기를 4개월을 기다렸지만 결국 2007년 7월31일로 자연퇴직을 명하였습니다.그 사이에 출근을 하여 병가나 휴직계를 내지않은 상태이며 2006년 11월11일부터 2007년7월31일까지 근무를 전혀 하지 않은 상태입니다. 근무를 하지 않은 기간도 근로계약이 끝나도 근무년수에 포함을 하여 퇴직금을 지급하여야 하는지 궁금합니다.