도급직 경비원과 정규직 경비원

도급직 경비원과 정규직 경비원이 함께 아래와 같이 근무 할 경우 비정규직 보호법상 문제가
있는지요?

1. 동일장소에서 동일 근무(근무형태 : 도급직 주.야간, 정규직 주간)

2. 동일장소에서 동일 근무(근무형태 : 도급직 및 도급직 주.야간)

3. 동일 사업장 내 다른 장소(출입문)에서 근무


그리고 정규직 경비원을 채용 할 당시(15년전) 감시단속적근로자에 대한 적용제외신청서를
제출하여 승인을 받았는데, 오랜 시간이 흐르는 동안 당시의 서류를 찾을수가 없습니다.
이것을 알고 경비원이 자신은 감시단속적 근로자로 취업한 것이 아니라며 연장근로수당등을
요구하는데 해결 방법이 없을까요?
(근로계약서도 사무실 이전중에 분실되어 찾을수가 없습니다)