월급제 근로자의 각종 수당과 관련한 문의 입니다.

안녕하십니까?
저는 경북 구미의 조그만 건설회사의 사무실에서 근무하고 있는 사람입니다.
저희 회사는 월급제 정규직 사원(상무이사 등 포함)과 일용직 근로자(일당제)가
10명 이상이 근무하고 있습니다.
근무시간은 평일 및 토요일 근무가 08:00~17:30까지 정해져 있고(주 48시간),
12:00~13:00시 까지가 휴게시간입니다.

다름이 아니라 월급제 근로자가 연장 근무를 하게 되면 연장근무수당과
연, 월차 수당을 받을수 있다고 알고 있는데요...(저의 경우를 예로 들겠습니다.)

1. 저는 월급제로 월 1,500,000원에 기본급 70%(1,050,000)와 교통비와 식대비가 합쳐져서
   지급받고 있습니다.
   이경우 하루 3시간을 초과해서 연장 근무하게 된다면 시급계산은 어떻게 되는지요?
   일반적으로 교통비와 식대가 통상임금에 포함되지 않는다고 하는데
   통상임금의 정의에 따르면 정기적으로 지급하는 것에 대해서는 통상임금에 포함된다고
   알고 있습니다.
   이경우 시급으로 환산하고자 한다면 기본급 만으로 시급을 환산하는가요?
   아니면 교통비(차량유지비)와 식대비를 합쳐서 시급으로 환산해야 하는지요?
  
2. 연, 월차 수당은 어떻게 지급받을 수 있는지요?

   참고로 2005년 2월에 입사해서 지금까지 근무하고 있으며 차량유지비와 식대비는
   월급제 근로자에게 같이 정기적으로 지급되고 있습니다.

빠른 답변을 기다립니다.