(주5일제+연봉제)과거 발생한 초과근로분도 받을 수 있는지요?

안녕하세요?

5년 전부터 연봉제를 적용해온 회사입니다.

월 48시간의 연장, 야간, 휴일근로시간을 포함하여 연봉계약을 해왔는데
교대근무로 인하여 실질적으로 월 48시간을 초과하는 시간외근무자가 발생하여
초과분을 정산지급하려고 합니다.

1. 과거에 발생한 초과근로분도 지급해야하는지요?
   지급해야한다면 몇 년전 것까지 고려해서 지급해야하나요?

2. 앞으로 초과분을 지급하는 방법에 있어서 연단위로 지급해도 상관은 없는 것인지요?
   반드시 월단위로 지급해야하는지요?

3. 주40시간의 사업장인데 주5일제는 아닙니다.
   규정상 토요일 4시간을 포함한 주 40시간 근로입니다.
   (평일은 8시간이 안되게 근무하는 것으로 되어 있습니다.)
   하지만 교대근무를 하지 않는 사람들은 주5일 근무를 하고 토요일에는 쉬고 있습니다.
   교대근무를 하는 분들은 토요일에도 7시간 이상의 근로를 하고 있습니다.
   그래서 두 부류(교대근무여부)의 사람들마다 주장하는 바가 다릅니다.
   논쟁의 주요 내용은 아래와 같습니다.
- 교대근무로 평일에 휴일을 부여하니까 휴일근로수당을 따로 지급할 필요가 없다.
- 토요일은 4시간을 초과하는 연장근로수당만 지급하면 된다.
- 토요일도 휴일근로수당을 지급해야한다.

교대근무하는 자의 경우 휴일근로수당을 지급해야하는지 여부와
토요일 근무자에 대하여 어떤 수당을 지급해야하는지...
회사입장에서 통상임금산정을 위한 시간을 주48시간 (근로시간40시간과 일요일 8시간)과
주56시간 (근로시간 40시간, 토,일 16시간) 중 어느 것이 더 바람직한지
아니면 교대근무여부에 따라 두 가지를 별도로 적용할 수 있는지 궁금합니다.