평균임금/통상임금에 포함이 되는지 여부

안녕하세요. 수고 많으십니다.


1) 저희회사는 매년 연봉계약을 체결합니다.

연봉계약 체결 시 일부는 월 급여를 여러 항목별로 분류하여 지급하고, 일부는 년 4회로 나누어 성과급 형식으로 지급하는데 성과급여는 개인별로 차등을 두어 지급하게 됩니다.

이럴경우 연월차수당, 퇴직급여, 산전후 휴가 급여 등 책정시에 모호한 항목들로 인해 곤혹을 치루게 됩니다.

아래의 항목들은 연봉계약 체결시 기본적으로 분류되어지는 항목입니다.

이경우 어느정도까지 포함하여 각종 급여를 산정해야 근로기준법에 어긋나지 않는 법위가 될까요.
의미를 보면 기본급만 산정하면 될 듯 하고, 연봉제의 취지를 생각한다면, 모두 포함하는게 맞을 것 같기도 하고 판단이 모호합니다.

1) 기본급 :  개인별 차이
2) 연구원 : 연구수당(비과세)
3) 차량 소유자 : 차량 유지 수당(비과세 항목)
3) 직책수당 : 대표이사가 인정하는 범위(과장, 이사 등 직급 보다는 대상자 위주)
4) 보육수당 : 6세 미만의 부양가족이 있을 경우(비과세)
5) 성과수당 : 년 4회 개인별 차등을 두어 지급

2) 저희 회사는 사규에 의해 지각 5회시 1회로 휴가처리(혹은 결근) 하고 있습니다.
어느분이 15회 지각을 하여 3일의 결근으로 처리하고자 하였으나,
부당하다는 의견을 제시하였습니다. 지각 5회 시 1회의 휴가는 인정하나 15회를 하였다고 3회가 무급처리 된다는 것은 부당하다는 내용입니다. 직원분의 말에도 수긍은 하지만, 어찌 처리하는 것이 근로기준법에 어긋나지 않는 것인지요.