연봉 협상 이후의 퇴직금 계산

기존 계약 기간이 1-12월인데,
내부 사정으로 인해 회사측에서 연봉 재협상을 이른 시기에 하여 10월부터 인상된 연봉 기준으로 급여를 지급했습니다.
그런 후에, 인상된 급여로 3달 지급받은 이후에 퇴사를 하게되면 퇴직금 산정은 어떻게 하나요?

연봉 협상시는 작성 날짜를 기준으로 계약서를 재작성하였습니다.
기간을 보자면 2000.1-2000.12,  2000.11~2001.10 이런식으로 후에 작성한 계약서와 날짜가 겹치게 됩니다.

최근 급여를 기준으로 퇴직금을 요구할 수 있나요?

그리고, 퇴직금에서 세금을 제하고 받는 실수령액에 대해서 묻고 싶습니다.
최근 한달치 급여 216만원, 2년 근속이었습니다.
회사측에서 알려준 퇴직금은 4,000,000원이었습니다.
게시판에서 본 자료에 의하면

퇴직소득세 : 1.4-1.7%
주민세 : 퇴직소득세액의 10%

라고 하는데 금액의 차이가  상당하기에 문의합니다.