연봉제에서의 퇴직금 소급

근무기간 3년이 지났습니다
2004년부터 연봉제(포괄임금계약) 도입으로  2003년 12월말로 1년이상된 전직원이 퇴직금을 정산받았구요
연봉제 계약 만료가 12월이지만  6월에 퇴사하게 되었습니다

연봉제도입시 입사한것으로 간주해 입사 1년미만이므로  6개월동안 급여에 포함되어 나온 퇴직금을
총지급된 급여에서  10%를 퇴직금 선지급했다며 소급하더군요
재 입사한것도 아닌데 연봉제 시행후부턴 퇴직금이 없어진격이 되네요
올바른 계산방법인지 알고 싶군요