지각,조퇴시 수당 지급 여부..

안녕하세요.. 저흰 직원 100명정도 되는중소기업입니다..
저희 회사는 지각,조퇴 합하여 3번이상하면 통상적으로 하루를 결근처리하는데요.. 특별히 규정이 있는것도 아니고 관례적으로 그렇게 해왔습니다..
지금까지 그런분이 계시면 하루 일당만큼만 공제하여 왔는데..
지금에 와서야 월차(보건) 주차까지 다 빼라는군요.. 실지 그분은 유급휴일인 빨간날을 제외하고 출근은 다 햇는데 말이죠?? 이게 맞는건가요??