회사 정책 결정에 대한 질의

안녕하십니까?
질의하고 싶은 내용은,
첫째로, 한 회사에서 근무형태가 각각 달리 할 경우 문제가 없는지?와
둘째로, 일반 사무직의 경우 포괄임금제를 적용할 수 있는 지? 입니다.
셋째로, 토요일 오전근로(4시간)일경우 월차사용시 반차(월차의 절반)로 공제하는 것이 타당성이 있는지? 입니다.

당사는 시급,월급,연봉제 3가지로 운영하고 있습니다.(6월이후 시급,연봉으로 2가지로 변경예정)

    첫번째 질의에 관련하여 당사의 여건을 설명드리겠습니다.
사업장은, 인천본점과 서울지점을 두고 있으며,
정상근로시간은, 월~금요일은 일 8시간 근로를 하고
토요일 근무를 인천본점근무자는 4시간 오전근로만 하고,
                    서울지점근무자는 격주로 휴무하되 근무주는 8시간을 하고 있습니다.
이것을 서울지점의 일부직원과 인천본점의 일부직원만
주44시간->42시간으로 변경코저 토요근무시간을 조정하고자 하는데
이에 대한 법적인 문제사항은 없는지?입니다.

    둘째 질의와 관련하여 당사의 여건을 설명드리겠습니다.
일반 사무직(인사,총무,경리,영업,마케팅)월급자가 정상근로외에 연장근로가 불규칙한 점을 감안하여
현재 월 정액수당제도로 연장기본45시간으로 산정하여 지급하고 있습니다.
그리고 이를 넘길 경우 일정 부서만 대리급이하만 실30시간/월 한계로 산정지급하고 있었으나
연봉계약직인 경우는 포함내역에 연장45시간을 명시하였으나 45시간을 초과해 연장하더라도
포괄임금이라는 명목으로 연봉을 실시하고 있는데 이는 법적인 문제가 없는지? 포괄임금제 대상이 되는지?
연봉직에 대한 한계를 알고 싶습니다.

    셋째 질의와 관련하여 당사의 여건을 설명드리겠습니다.
당사는 매월 미사용분에 대한 월차수당을 지급하고
월차를 사용시엔 시급자 근로자는 토요일의 경우 4시간만 공제하여 월차의 반차분를 공제하고 있고,
                        월급직과 연봉직은 월차 유급1일분을 공제하고 있습니다.
더우기 첫번째 질의와 관련되어 주42시간으로 변경할 경우 근무처에 따라 연봉직이더라도
월차사용시 인천은 월차1일분을 서울은 월차분1/2(반차)을 적용하고자 하는데
노동법상 형평성에 어긋나지는 않는지?를 질의합니다.
많은 도움을 주시면 당사의 정책을 결정함에 있어 중요한 자료로 삼아 참조하고 적용토록 하겠습니다.
수고부탁드립니다.