퇴직자 연장수당 처리의 건

안녕하십니까?

다름이 아니라 지난 2018.09.16일자로 퇴사한 직원이 있는데 이 직원에 대해 상실 신고도 하고 급여 및 퇴직금도 지급 완료된 상태입니다. 문제는 이 직원이 지난 3년간 연장근무에 대한 수당을 요청한 바 근로감독관의 협의 권고에 따라 해당 수당을 지급 예정입니다.

그렇게 되면 해당 수당을 지급 시 급여로 처리하면 되는지와 급여로 처리 시 이미 퇴사한 직원의 원천세 및 4대보험 신고 처리 문제를 어떡해 진행해야 될지 문의 드립니다.

또한, 상기 수당이 인정되면 퇴직금도 변경될 가능성이 있는데 해당 부분만큼 지급한다고 가정 시 퇴직금도 수정 신고하고 추가로 지급하는건지 아니면 해당 퇴직금 부분만큼 상기의 급여에 포함하여 처리 하는지 실무적으로 어찌해야 할지 알 수가 없기에 문의드립니다.

감사합니다.