퇴직금에 비과세가 포함되었다고 연말정산을 다시 해야 합니까?

안녕하십니까?
지난 번의 답변 정말 감사합니다. 덕분에 차량유지비와 식대를 포함해서 퇴직금을 받기로 했습니다. 그런데 궁금한 점이 있어 다시 글을 올립니다.
차량유지비와 식대가 비과세 대상였기 때문에 차량유지비와 식대를 포함해서 퇴직금을 지급하는 대신 2000년도 연말정산을 다시 해야 한다고 하는데 그 말이 맞는지 궁금하네요.

또 제가 이미 일주일 전에 이번달 말까지 지급을 요청했으나 회사사정으로 지급이 어렵고 다음달 6일이나 가능하다고 하는데 저는 어떻게 해야 하나요? 저는 늦어도 이번달 말까지 상당액수를 갚아야 하거든요.

그럼 미리 감사드리고요 빠르고 명쾌한 답변을 기다리겠습니다.