같은 사무실 동일대표의 다른 법인으로 입·퇴사자 신고서 작성에 따른 불리 유무

저희 회사는 같은 사무실에서 2개의 법인을(동일대표) 운영하고 있습니다. 

지금부터 1번 법인은 A법인, 2번 법인은 B법인이라 얘기하겠습니다.(A법인 직원 3명, B법인 직원 3명, 본인포함)

저는 최초(2014년 5월 1일 입사) A법인으로 알고 면접을 봤는데, 회사에서 어차피 다같이 일하는거라 별다른 차이가 없으니 B법인 근로자로 등록하자 하여 B법인으로 등록을 했습니다.

실제 같은 사무실에서 양쪽 법인의 일을 다 맡아서 하고 있으며 양쪽소속이 되어 일을 하고 있습니다.

그런데 이번 해에 제가 모르는 상태로 2015년 6월30일부로 B법인에서 퇴사자 신고를 하고 A법인으로 입사신고를 하게됐습니다. 

근로자(본인)의 동의 없이 입·퇴사 처리하고, 세무서에 신고서를 작성해야 하니 나중에 입·퇴사자 신고서를 쓰게끔 한 것입니다.

2014년 5월 1일 ~ 2016년 5월 1일까지 근무하고 퇴직하게 된다면, 그 때 제가 2년치 퇴직금을 받을 수가 있나요? 

실제 저는 같은자리에서 같은일을 2년 동안한 것인데 근로자본인의 동의 없는 회사에 만행 때문에 2년치 퇴직금을 받을 수 없나요?

또 이렇게 소속을 옮긴것에 따른 불리한점에 대해 알고 싶습니다.