야간 수당과 연장 수당 미지급 관련

저는 저녁 7시에 출근 오전 7시 퇴근 하는 하루 12시간 근로에 2일 일하고 1일 쉬는 형식으로 계속 돌아가는 조건으로 근무하고 있습니다. 

사장과 사소한 문제로 감정 싸움을 벌이다가 결국 퇴사하게 되었고 기존에 받지 못한 야간 수당과 연장 수당을 달라고 관할 노동 지청에 

진정서를 넣고 6월 29일 오전 제가 출석하여 진술서를 작성하였습니다. 

여기서 궁금한점이 여러개 있습니다. 

1. 사장은 야간 수당등 모든것이 포함된 포괄 계약서라고 주장하지만 제가 알기로 그런 계약을 하더라도 실제로 최저임금에 수당을 계산하여 

나온 금액이 계약서 상에 제가 받는 금액보다 클 경우 즉 제가 최저임금의 수당을 플러스 했을때 제가 받던 돈 보다 더 많은 돈을 받아야 하는 상황이면 이전에 작성된 계약은 법적으로 무효가 되는것으로 알고 있습니다. 이게 맞는지요?

2. 현재 근로 감독관이 사장에게 출석을 명령한 상태입니다. 여기서 사측 조사를 하고 임금 체불이 확인되면 임금체불 확인서를 발급 받고 실업 급여를 신청 하면 되는 것으로 알고 있습니다. 

문제는 만일 사측이 계속 출석을 거부하면 임금체불이 확정되지 않다가 계속 거부시 제가 주장한 금액이 확정되고 검찰로 넘어가는 것으로 알고 있습니다. 문제는 그 시간이 얼마나 걸리고 제가 그 시간동안 임금체불을 확인 받고 실업급여를 정상적으로 신청할수 있는 방법이 없을까요?

 3. 저는 6월 30일까지 근무하기로 이야기를 한 상태입니다. 만일 7월 10일날 지급되어야 할 6월분 임금이 제대로 들어오지 않을 경우 기존에 넣었던 진정에 14일이 지난후에 추가로 신청이 가능한것인가요? 아니면 이 부분은 따로 신청해야 하는 건가요?

질문이 많네요...잘 부탁드립니다.