퇴직시 연차 처리에 대해 질문드립니다

퇴사시 남은 연차 사용과 관련해 회사와 입장이 달라 질문드립니다.

원래 회사가 연차수당을 안주고 남은 연차를 쭉 붙인 다음에 마지막날을 퇴사일로 해왔습니다.

저도 퇴사를 앞두고 사직서와 휴가원을 그렇게 준비했는데,

경영관리팀에서 이제 연차수당으로 바뀌었고 개인이 선택할 수 있는 문제가 아니라고 했습니다.

저는 그럴 경우 연차를 다 소진하고 나갈경우 받을 수 있는 월급이랑 같은 금액을 받을 수 있느냐 물었고

회사에서는 그렇다고 했습니다.

또 연차를 쓰지 않고 당장 퇴사하니 퇴사일이 빨라지니까 그날 당장 사직서를 제출하라고 했습니다.

제가 정말 멍청하게 처신한 것은 회사에서 시키는 대로 사직서를 제출했다는 것입니다.

그후 3일이 지나 연차수당은 휴일은 다 빠져서 돈이 더 적다는 것을 알았고, 원래 법적으로는 연차소진과 연차수당 중 어떻게 할지 

근로자가 선택할 수 있다는 것을 알게 되었습니다.

그래서 바로 경영관리팀에 연락해서 법적인 부분을 어필했으나 회사방침상 안된다는 답변만 돌아왔습니다.

그리고 계속 요구할 경우 회사에서 퇴사 처리 안해줘도 되느냐는 말까지 했구요.

그래도 전 계속 어필했고, 팀장님과 이사님 결제를 다시 받고 새 사직서와 휴가원을 제출했습니다.

이 경우 회사에서 끝까지 연차수당으로 처리하면 제가 노동부에 진정을 넣는다던지 할 수 있는 방법이 있나요?

그리고 다른 이야기로, 계약서상 모든 수당이 포함되어있다고 되어있는데 원천징수를 보면 100% 기본급으로만 나와있습니다.

업계 사정상 스케줄 근무라 밤근무도 많고 휴일, 주말 근무도 많습니다.

(휴일이나 주말 근무는 다른 평일을 대휴로 줍니다만, 밤 근무는 아무것도 없습니다)

이런 경우 수당 미지급 신고가 가능한지 궁금합니다.