퇴직시 연차 처리 방법이 궁금합니다

 2019/1/1 입사하여 2020/5/18 날 사직서를 적고

퇴사하였습니다.

퇴사전 남아있는 연차가 10개 있었는데 이번달 근무 시수표를 확인하면서 18일 부터 27일까지 남은 연차를 근무날로 잡아서 연차 처리를 하였습니다

저와의 협의나 통보도 따로 하지 않았습니다 아울러 퇴직금도 퇴직 14일 이내 주어야 하지만 아직 받지 못했습니다 아마도 6월 급여일에 남은 월급과 함께 입금 하려하는것 같습니다.

이렇게 처리 될 경우 급여+퇴직금+연차수당이 한꺼번에 세금을 처리 하게 될것 같은데 이렇게 처리 하는게 일반적인가요?

퇴직금과 남은 연차를 14일 이내에 세금을 제하고 입금한뒤 남은 급여를 다음달 급여에서 제하는 것이 정상적인 방식이 아닌가요?

그리고 아울러 연차를 근무로 인정하게 될 경우 23,24일은 토일요일 주차와 토차를 반영해야 하지 않나요?

답답한 마음에 질문드립니다...