퇴직전환금 관련 건

퇴직전환금 관련하여 문의를 드리고자 합니다.
퇴직전환금은 사용자의 퇴직금 부담을 덜고자 93년부터 99년까지 한시적으로 사용자가 퇴직금 명목으로 일정금액을 국민연금공단에 납부한 제도로 알고 있습니다.
그런데 2010년 1월 31일 퇴사를하며 회사는 퇴직 전환금이 있다며 그 금액을 공제하고 퇴직금이 지급된다고 말을 했습니다.
제가 문의를 드리고자 하는바는 퇴직전환금이 있다는 건 알고 있습니다만 2004년도에 퇴직금 정리를 할 당시에는 아무런 얘기가 없었다는 겁니다. (회사는 착오가 있어 그 당시에 퇴직전환금을 공제하지 못했다고 함)
2004년 퇴직금을 정산할 당시에 공제하지 못한 것은 회사의 귀책사유가 아닌가요? 퇴직전환금 제도가 끝난지 10년이 넘었는데 소멸시한 같은 것은 없는가요?
회사가 부담한 돈을 훗날 국민연금으로 제가 수령하는 것은 맞습니다만 회사의 귀책사유 여부와 소멸시한 같은 것이 있는지를 문의 드리고자 합니다.