퇴직일 바로 전날 사용한 보건휴가의 계속근무일수 포함 여부

안녕하세요?
이곳에서 많은 정보 배우고 지식을 넓여가고 있습니다.
이해하기 쉬운 답변 정말 감사하고요~
한가지 질문 사항이 있어 글 올립니다.

저희 직원중에 07.03.03일 까지 근로를 하고 03.04(일요일), 03.05(보건휴가),03.06(적치휴가)를 쓰고 퇴사한 직원이 있는데요~
퇴직일 바로 전날 휴가를 써도 근무일수에 포함을 시켜야 하나 해서요~
이 분이 퇴사일을 03.07일로 써 놓고 퇴사를 했는데...
저희 회사에서 기본급 일수 계산을 6일까지 주어야 하는지...
아니면 실 근무일인 3일까지를 주어야 하는지 궁금합니다.
참고로 저희 회사는 5일근무제를 도입해 보건휴가는 무급처리이며 적치휴가는 유급처리합니다.
좋은 답변 기다리겠습니다.
감사합니다.