부당한 퇴직금 -_-;;;

얼마전 글을 남겼는데... 답변을 확인하기전...
원장님(사업주)와 퇴직금에 대한 이야기를 나누었습니다.
유치원에서 인턴기간을 합쳐 5년간 일한 교사입니다.
퇴직시에 퇴직금으로 60만원을 받았는데.
그 60만원은 저의 급여에서 매달 5만원씩 뺀 금액이였습니다.
부당함을 이야기하니,
원장님은 매달 보너스 200%안에 퇴직금이 포함되어 있었다고 합니다.
급여에서 퇴직을 빼는 것이 부당하다고 하니,
원장님은 자신은 잘못이 없다며..
자신의 잘못은 2005,2006년 국민연금을 들어주지 않은 것에만 있다며.
다시 퇴직금은 2년간 들어주지 않은 국민연금의 사업주의 부담금인..
120만원을 계산하여 주시며 저희에게 확인서를 요구하였습니다.
저희는 120만원의 국민연금을 지급받았다는 확인서에 서명을 하고,
120만원을 받았습니다.
그런데, 뒤늦게 답변메일을 보니,
저희가 너무 적은 금액의 퇴직금을 받은것같네요.
저의 퇴직금은 2006.12~2007.2까지 최종3개월간의 평균임금 곱하기 4년으로
답변해주셨는데...
만약 이런 확인서를 원장님에게 제출하였다면..
저희가 받지 못한 퇴직금은 더이상 받을 수 없는 것인가요?
제가 못 받은 금액은 총 324만원에서 120만원을 뺀 204만원입니다.

확  인  서

일금 : 일백 이십만원

상기 금액을 **** 유치원 국민 연금 부담분으로 계산하여
퇴직금 명목으로 받았음을 확인함

확인서 내용은 이렇습니다.
저희가 너무 법을 몰라서 이런 어처구니 없는 실수를 범한 것 같습니다.
제발 도와주세요~~~