연봉제관련 문의드립니다.

안녕하세요?

저희 회사의 경우 연봉제로 임금이 지불되어지고 있습니다.
급여명세서상의 항목은 기본급,월차수당,보건수당(여자에 한함) 등으로 되어져 있습니다.
그리고 별도 복리차원에서 식대,면허수당/자격수당(해당자에 한함),체력단련비(하계휴가시) 등을 별도 지급하고 있습니다.
그래서 직원들의 경우 식대 및 기타수당에 대해서는 급여로 여기지 않습니다. 그러면서 급여가 작다고 늘 불만입니다.
이번에 연봉제를 대폭 정비코자 하는데, 이 부분을 크게 포괄임금산정방식으로 개별 연봉계약서 작성시에
기본급+시간외수당(법정수당,면허수당,자격수당포함)+식대 형식으로 명기하고자 말입니다.
이때 발생하는 추가적인 통상임금 및 평균임금의 상승이 다소 문제가 되어지지만 이렇게 진행하는 것이 바른게 아닌가 생각합니다.
제가 놓치고 있는 부분이 무엇인지 고견 부탁드립니다.