연차수당 지급시기

주 40시간제 사업장입니다.
2006-6-1일 입사후 2007-5-31일 1년만근한 계속근로자의 경우

저희 회사에서는 연차휴가발생일인 2007-6-1일에 10개의무사용 연차를 제외한 연차일수는 수당 또는 적치하여 모두 사용할것인지를  본인에게 확인을 하고 수당지급합니다.

연차휴가수당 청구권발생일인 2008-6-1일 지급하지 않고, 2007-6월 임금기준으로하여 50%를 가산지급하고 있습니다.

만약 연차사용만료일(2008-5-31) 3개월전 연차사용촉진을 서면으로하게되면, 근로자 입장에서는 수당도 받을수 없고, 연차도 사용하지 못할경우가 발생할수도 있습니다.
회사사규에 의무사용 10개휴가 제외한 연차일수에 대해서는 1년만근시 연차휴가 발생일속한 달 급여일에 연차수당을 지급한다라고 규정되어있습니다

이 경우, 2007년,2008년 임금이 다를 경우 수당의 금액도 달라지는데
문제가 되지 않는지요