연차휴가 초과 사용한 후 퇴사할 경우 임금 청구권은 어떻게 되나요?

안녕하세요?

노동자의 권익증진을 위해 수고하시는 귀 기관의 임직원 여러분의 노고에 감사드립니다.

다름이 아니라 2012년 6월 입사한 직원이 2018년 12월 29일에 퇴직을 하였습니다.

2017년 7월 제가 현 시설에 근무를 시작하며, 연가 사용이 문제가 있어서 입사년 기준으로 조정을 하였고,

이에 퇴직한 직원의 경우 2017년 연가를 소진하였으나, 입사일 기준으로 재 산정하게 되어 2017년 6월부터 2018년 5월까지 18일의 연가가 발생하는 것으로 하여 재 산정을 하고 있던 중,

상기 직원은 12월 29일까지 18일의 연차를 다 소진하고 임의 사직을 하였습니다.

이 경우 차년도 발생할 연차까지 사용하였다고 생각되는 데, 어떻게 처리를 해야할까요?

보조금으로 인건비를 받는 시설이다 보니, 지도점검 시 인건비를 환수조치를 할 수 있어 문의드립니다.