회사측의 손해배상청구건.. 어떻게 해야할지.. 망막합니다.

안녕하십니까
너무도 답답하여 이렇게 문의 드립니다.
저는 A회사에서 기구설계업무를 2003년 3월부터 2004년 7월까지 담당하였습니다.
초기 창립맴버로 혼자서 기구개발 업무를 담당하였는데 회사의 임금이 3개월 체불 되면서 퇴직을 하였습니다.
회사측에서 체불임금에 대하여 8월 31일까지 지불하기로 한 각서를 받고 퇴직하였습니다.
근데 8월 말이이 되도 지급이 되지 않아 회사를 찾아갔습니다. 체불임금의 50%는 당일에 주고 나머지는 기약을 하지 못하겠다고 하더군요 근데 사전에 말일까지 지급이 되지 않으면 노동청으로 진정이나 고소를 하겠다고 이미 밝히고 갔습니다. 협의 끝에 사장님의 그동안 회사에서 한 일이 뭐냐고 한일도 없이 놀지 않았냐는 말에 더이상 이야기 할 것이 없을것 같아서 노동청으로 가서 고소를 했습니다. 같은 직원이였던 동료는 진정서를 제출하고... 하지만 제가 첫 개발부터 현제 회사에서 출시하고 있는 모든 제품에 관여하지 않은 것이 없고 날을 세워가며 일을 한것이 하루이틀의 일이 아닙니다. 정말 내 일처럼 열심히 했었는데.. 그 이야기를 하신 사장님은 답답한 마음에 하신 것이라 이해는 합니다.
그런데 당일에 50%를 임의적으로 입금을 했더군요. 그 후 회사에서 연락이 왔는데 고소를 취하하면 않되겠냐고
하지만 그럴 생각이 없다고 이야기 했습니다.
그랬더니 이제는 회사에서 사장님의 지시로 그동안 기구개발하면서 발생한 손해에 대해 금액을 정산하고 그 금액을 청구하겠다는 이야기가 재직하는 동료들에게서 들었습니다.
손해라 해도 금형개발비등.. 사장님의 전결(기술연구소소장직 겸임)을 득하고 행하였으며. 금형제작에 관하여 사장님이 아시는 업체분을 불러 사장님이 회의하고 가격협의하고 일정 합의하고 저는 기안만 작성해서 올렸습니다. 그런데도 손해배상이라는 것을 생각한다는 것이 저는 납득이 가지를 않습니다.
관계법령에서는 어떻게 되어있는지 궁금합니다.
단연코 일부러 손해를 입힌 것은 없으며 도면의 실수등으로 발생한 손실은 있다고 보지만 개발 업무상 가능한 일이라 사료됩니다.
더 긴 이야기는 차후에 필요하면 더 기술하겠습니다.
회사측의 손해배상이 이루어지는 것이 가능한지.. 어떻게 대처를 해야하는지 궁금합니다.
답변 부탁드립니다.