교통비 명목으로 선지급으로 공제된 임금 받을 수 있을까요

본인은 2014.05.07~2014.11.15 약 6개월동안 김포소재 업체에서 근무 하였으며 회사의 지방이전(충청북도)으로 인해 퇴사하였습니다.

근로계약시 (월통상임금:기본금(1,887,590),연구수당(0),기본식대(100,000),차량유지비(0)과 제수당(약정연장수당(429,080),약정야간수당(0),

약정휴일수당(0) 합계 2,416,670(연봉 29,000,000)으로 근로 계약을 작성했습니다

근로계약서 기타조항에 "교통비의 선지급으로 인해 매월 100,000원을 원천공제하기로 한다"라는 조항이 있었습니다.

계약대리인인 전무에게 물으니 "자기도 잘 모른다" 였습니다 그러면서 매달 월급에서 기타공제명목으로 100,000씩공제가 되었습니다.

회사에서는 제가 원치도 않는  차량제공(스타렉스)을 하면서 기름값명목으로 공제를 한것 같습니다.

그런데 저 그 차 6개월다니면서 20일 정도 출퇴근 용으로 사용했고 회사 근처 직원들 그 차로 출근시켰습니다..

 그 외엔 대중교통을 이용했습니다.

그리고 회사가 제에게 교통비에 대한 선지급으로 100,000원을 준 적도 없고 저역시 회사 카드로 3만원인가 5만원인가 한번 주유했습니다

제에게 제공한 회사차는 저 혼자 타는 것이 아니라 영업사원이 타고 나가거나 퇴근 시간에 차가 안들어 오면 탈 수 없는 회사 공용차였기 때문에

퇴근시에 기름이 없어서 그때 주유 한것이고요..

12월 15일날 급여15분(11월1~15까지 일한분)을 받으면서 월급명세서를 보니 또 100,000원을 공제 했습니다.

제가 잘 알아 보지도 못하고 근로계약서에 원천공제 조항을 보았음에도 불구하고 서명한 저의 잘못도 있습니다만

직장다니면서 근로계약서에 불합리한 조항이 있다고 일일이 다 따지면서 계약하는 사람이 과연 있을까요

그리고 선지급 하지도 않은  부분에 대해서 근로계약서에 있다고 공제하는것 역시 잘못된 것이라고 생각합니다.

5개월분의  공제된 금액 500,000원을 돌려 받을 수 있을까요 돌려 받을 수 있다면 어떤방법이 있을까요

당연 회사는 주지 않으려고 할 것이고 법적인 절차가 있을까요 회사는 노무사와 계약을 맺고 있어서 법을 잘 모르는 직원들을

할 말없게 만드네요